Aunque no hay datos certeros sobre la fecha, se sabe que los primeros asentamientos en la península de Yucatán datan de 500 a 300 años a.C.
En el Clásico florecieron Cobá, Dzibanché y Kohunlich, y para el Pos-clásico Tulum, Cobá y Muyil, ciudades del interior que controlaban el comercio de la costa mediante canales que comunicaban al mar. Durante este período, la península se dividía en pequeños cacicazgos.
Con el fin de la liga de Mayapán, la prosperidad se interrumpió y se formaron 19 cacicazgos; Ekab, Cochuah y Chetumal, también conocido como Chactemal, quedaron dentro de lo que hoy es Quintana Roo.
A la llegada de los españoles la península se hallaba en crisis; no obstante, la conquista fue difícil, pero se consumó y se crearon encomiendas. Estas no properaron y la región quedó en el abandono, lo que provocó que la zona costerar desde Honduras a Bahía de la Ascención fuera refugio de piratas ingleses que asolaban los centros de acopio españoles.
La Independencia poco cambió las cosas y la tradición rebelde de los mayas dio origen en 1847 a la Guerra de Castas. Tras varias divisiones de la península, en 1902 se crea el Territorio de Quintana Roo, con su extensión actual. El proceso poblacional de Quintana Roo cambió por completo y en 1974 un decreto lo elevó a estado Libre y Soberano